สถานที่ถวายเพลิงพระศพสมเด็จพระเนรศวรมหาราช โดดเด่นด้วยเจดีย์ศิลปะอยุธยาตอนกลางที่เชื่อกันว่ามีการเปิดกรุและพบผอบล้อมรอบด้วยพระปางนาคปรก พระประจำวันเกิดพระเนรศวรมหาราช พร้อมชมซากโบสถ์หน้าบันเครื่องถ้วยคล้ายวัดมหาธาตุ

เมื่อครั้งที่สมเด็จพระเนรศวรเสด็จไปตีเมืองอังวะ ทรงตั้งทัพที่ท่าแก้ว เมืองหางหลวง (พม่าในปัจจุบัน) พระองค์ท่านทรงประชวรและสวรรคตลงเมื่อวันจันทร์ที่ 25 เมษายน พ.ศ. 2148 สมเด็จพระเอกาทศรถได้อัญเชิญพระบรมศพกลับมายังกรุงศรีอยุธยาและแต่งพระเมรุมาศเผาพระศพ เชื่อกันว่าสถานที่เผาพระศพมีชื่อว่าวัดวรเชษฐ์ โดยในกรุงศรีอยุธยามีวัดชื่อนี้อยู่ 2 แห่ง คือ

1. วัดวรเชษฐ์ (วัดวรเชต) นอกเกาะเมือง
2. วัดวรเชษฐาราม (วัดวรเชษฐ์) ในเกาะเมือง

แม้ในประวัติศาสตร์ จะไม่ปรากฏแน่ชัดว่าวัดใดคือวัดที่ถวายพระเพลิงพระเนรศวรมหาราช ทว่ากระแสในปัจจุบันเชื่อว่าเป็นวัดวรเชต นอกเกาะเมือง เนื่องจากมีพระปรางค์ที่ดูหรูหราอลังการ มีสถูปบรรจุอัฐิมากมาย อีกทั้งยังกินพื้นที่กว้างใหญ่ไพศาลกว่า ส่วนวัดวรเชษฐารามมีเพียงเจดีย์เรียบง่ายและวัดมีขนาดเล็ก แต่นักวิชาการส่วนใหญ่กลับเห็นว่าสถานที่ถวายพระเพลิงน่าจะเป็นวัดวรเชษฐาราม ด้วยเหตุผล 3 ประการได้แก่

เหตุผลที่ 1 พระปรางค์ประธาน วัดวรเชต นอกเกาะเมือง มีลักษณะเหมือนกับพระปรางค์วัดชัยวัฒนาราม วัดนี้จึงน่าจะสร้างขึ้นในสมัยพระเจ้าปราสาททองเช่นเดียวกับวัดชัยวัฒนาราม

เหตุผลที่ 2 พระราชพงศาวดารทั้งฉบับบริติชเมียวเซียมและฉบับพันจันทนุมาศบันทึกไว้ตรงกันว่าสมเด็จพระเอกาทศรถทรงบำเพ็ญพระราชกุศลด้วยการสร้างวัดชื่อ ‘พระวรเชษฐารามมหาวิหาร’ ขึ้น จากชื่อที่จารึกไว้ ใกล้เคียงกับวัดเชษฐารามในเกาะเมืองมากกว่าวัดวรเชตนอกเกาะเมือง

เหตุผลที่ 3 การจัดกระบวนแห่พระมหาพิชัยราชรถบรรจุพระศพพร้อมด้วยพระมหาบุษบกจากพระบรมมหาราชวัง ข้ามแม่น้ำไปวัดวรเชต นอกเกาะเมืองนั้น เป็นไปได้ยาก เพราะในสมัยนั้นไม่มีสะพานคอนกรีตข้ามแม่น้ำที่ใหญ่และแข็งแรงเหมือนในปัจจุบัน อีกทั้งการเคลื่อนย้ายพระมหาพิชัยราชรถทางชลมารค (ทางน้ำ) ก็ไม่เคยปรากฏมาก่อน

ดังนั้นวัดวรเชษฐาราม ในเกาะเมืองแห่งนี้ จึงเป็นวัดที่น่าจะเป็นที่ถวายพระเพลิงสมเด็จพระเนรศวรมหาราชมากที่สุด

            สิ่งที่น่าสนใจภายในวัด

1. เจดีย์

เจดีย์ประธานเป็นเจดีย์ทรงลังกา ศิลปะอยุธยาตอนกลาง องค์นี้ถูกลือปากต่อปากว่ามีผู้ลักลอบเปิดกรุและพบผอบบรรจุอัฐิ มีพระปางนาคปรกล้อม ซึ่งเป็นพระประจำวันเกิดของผู้เกิดวันเสาร์ และพระเนรศวรประสูติวันเสาร์พอดี ผอบนี้จึงน่าจะเป็นผอบบรรจุพระอัฐิพระเนรศวรมหาราช ทว่าในพระราชพงศาวดารทั้งฉบับบริติชเมียวเซียมและฉบับพันจันทนุมาศบันทึกไว้ตรงกันว่า สมเด็จพระเอกาทศรถทรงสร้างวัดพระวรเชษฐารามมหาวิหารขึ้น โดยในเจดีย์บรรจุพระบรมสารีริกธาตุ ไม่ใช่พระอัฐิของเจ้านายพระองค์ใด อีกทั้งพระประจำวันเกิดก็เพิ่งถูกกำหนดขึ้นโดยในหลวงรัชกาลที่ 4  เนื่องจากทรงเห็นว่าพระแต่ละปางเป็นปริศนาธรรมซึ่งหากพิจารณาดีๆ แล้วจะสามารถเตือนใจคนตามลักษณะพื้นดวงในวันเกิดแต่ละวันได้ ในสมัยสมเด็จพระเนรศวรจึงยังไม่มีพระประจำวันเกิดแต่ประการใด

โดยสรุปแล้ววัดวรเชษฐารามจึงน่าจะเป็นวัดถวายพระเพลิงพระบรมศพพระเนรศวรมหาราชและเป็นที่ที่พระเอกาทศรถทรงสร้างเป็นพระราชกุศลถวายแต่สมเด็จพระเชษฐา แต่ไม่ใช่สถานที่เก็บพระอัฐิแต่ประการใด

ซากโบสถ์

โบสถ์แห่งนี้มีหน้าบันที่สร้างด้วยเครื่องถ้วยเหมือนวัดมหาธาตุ ภายในยังมีเสาหานรอบก้านฉัตรและบัลลังก์ พร้อมด้วยพระพุทธรูปปางมารวิชัยให้สาธุชนได้กราบไหว้บูชา

วิหาร

แม้วิหารจะพังทลายลงมาเกือบหมดแต่ภายในยังมีพระพุทธรูปปางมารวิชัยประดิษฐานอยู่ โดยพระพุทธรูปองค์นี้เป็นที่เคารพสักการะ จนมีสาธุชนเดินทางมากราบไหว้ไม่ขาดสาย