สันนิษฐานว่าสร้างในสมัยอยุธยาตอนต้น และปฏิสังขรณ์ขึ้นใหม่ในสมัยอยุธยาตอนปลายโดยเจ้าพระยาโกษา (เหล็ก) และเจ้าพระยาโกษา (ปาน) อาจเป็นในช่วงสมัยของสมเด็จพระนารายณ์มหาราช “ในจดหมายเหตุของแกมเฟอร์

สันนิษฐานว่าสร้างในสมัยอยุธยาตอนต้น และปฏิสังขรณ์ขึ้นใหม่ในสมัยอยุธยาตอนปลายโดยเจ้าพระยาโกษา(เหล็ก) และเจ้าพระยาโกษา(ปาน) อาจเป็นในช่วงสมัยของสมเด็จพระนารายณ์มหาราช “ในจดหมายเหตุของแกมเฟอร์ แพทย์ชาวเยอรมันที่ทำงานในบริษัทอีสต์อินเดียของฮอลันดาเดินทางเข้ามากรุงศรีอยุธยาเมื่อ พ.ศ. 2233 ในรัชกาลสมเด็จพระเพทราชา ได้บันทึกไว้ว่า ห่างจากตัวเมืองไปทางตะวันออกมีวัดที่มีชื่อเสียงแห่งหนึ่งเรียกว่า วัดพระยาคลัง

แผนผังที่นายแกมเฟอร์เขียนประกอบไว้ปรากฏว่าเป็นวัดสมณโกฎฐารามและวัดกุฎีดาว และยังระบุว่าสมเด็จพระเพทราชาได้เสด็จไปที่วัดนี้เพื่อราชทานเพลิงศพเจ้าแม่ดุสิตซึ่งเป็นมารดาของเจ้าพระยาโกษา(เหล็ก) และเจ้าพระยาโกษา(ปาน) และยังเป็นพระแม่นมของสมเด็จพระนารายณ์มหาราชเมื่อ พ.ศ. 2233″ สิ่งที่น่าสนใจภายในวัดได้แก่ พระอุโบสถ เป็นพระอุโบสถสมัยอยุธยาก่ออิฐถือปูน มีประตูเข้าออกทางด้านข้าง 4 ด้าน ภายในพระอุโบสถมีหลังคาต่อเป็นโครงไม้แบบหน้าจั่ว ประดิษฐานพระประธาน กว้างประมาณ 3.5 เมตร ทางด้านทิศตะวันออกมีวิหารขนาดใหญ่

วัดนี้มี พระปรางค์ องค์ใหญ่รูปทรงสัณฐานแปลกตากว่าแห่งอื่นเข้าใจว่าเลียนแบบเจดีย์เจ็ดยอดของเชียงใหม่ เป็นพระปรางค์ที่สร้างบนเจดีย์องค์เดิม มีมุขยื่นออกไปทางทิศตะวันออก มีบันไดทางขึ้นสู่ลานประทักษิณ 2 ทาง สันนิษฐานว่า พระปรางค์องค์นี้สร้างขึ้นในราวสมัยอยุธยาตอนกลาง นอกจากนี้ยังมี เจดีย์ระฆัง ขนาดใหญ่ตั้งอยู่ระหว่างพระปรางค์และพระอุโบสถ

สันนิษฐานว่าน่าจะมีมาแต่แรกเริ่มการสร้างวัดตามลักษณะของเจดีย์และลวดลายที่ประดับอยู่บนบัลลังก์ ซึ่งโบราณสถานเหล่านี้ได้สร้างทับรากฐานอาคารเดิมอันเป็นงานที่สร้างขึ้นในสมัยอยุธยาตอนต้น แผนที่เดินทางไปวัดสมณโกฎฐาราม