เมื่อปี พ.ศ. 1893 พระเจ้าอู่ทองได้สถาปนาอยุธยาขึ้น โดยตั้งขึ้นในเมืองเก่า “อโยธยา” ที่มีมาก่อน และเป็นเมืองที่อยู่ระหว่างกลางของสุพรรณบุรีและลพบุรี ประวัติศาสตร์ช่วงแรกของอยุธยา เป็นเรื่องของการแก่งแย่งชิงอำนาจของ 2 ราชวงศ์ คือ ราชวงศ์อู่ทองและราชวงศ์สุพรรณบุรี (อันเป็นฝ่ายของพระเชษฐาหรือพระอนุชาของมเหสีของพระเจ้าอู่ทอง) และจบด้วยชัยชนะของฝ่ายสุพรรณบุรีในสมัยของพระเจ้าอินทราชาธิราชที่ 1 ดังนั้นในครึ่งหนึ่งของประวัติศาสตร์อยุธยา (ก่อนเสียกรุงให้พม่าครั้งที่ 1) ที่มีกษัตริย์จาก 2 ราชวงศ์ รวม 17 พระองศ์นั้น จะมีกษัตริย์จากราชวงศ์อู่ทอง 3 พระองศ์คือ พระรามาธิบดีที่ 1 พระราเมศวร และพระรามรามาธิราช
     

ในช่วงแรกของอาณาจักรอยุธยา มีความพยายามที่จะยึดอาณาจักรของขอมที่เมืองพระนครหลวงหรือกรุงศรียโสธรปุระ ซึ่งมีการทำสงคราม 3 ครั้งใหญ่ อันเป็นผลทำให้อาณาจักรขอมอ่อนอำนาจลงและต้องย้ายเมืองหลวงไปอยู่ที่พนมเปญ ในขณะเดียวกันอยุธยาก็พยายามแผ่อำนาจไปทางเหนือ เข้าครอบครองอาณาจักรสุโขทัยได้สำเร็จ ส่วนทางใต้อยุธยาก็ได้เมืองนครศรีธรรมราช

การขยายอำนาจของอยุธยาทำให้เกิดการแย่งชิงอำนาจเหนือเชียงใหม่และอาณาจักรมอญ (ในพม่าตอนล่าง) ความพยายามของอยุธยาที่จะมีอำนาจเหนือเชียงใหม่และมอญนี้ ก็ทำให้มีการขัดแย้งกับพม่าเป็นประจำ อันทำให้อยุธยาถูกทำลายลงในปี พ.ศ.2310 (เสียกรุงครั้งที่ 2)