เป็นโบสถ์คริสต์นิกายโรมันคาทอลิกแห่งแรกในประเทศไทย
ตั้งอยู่ริมแม่น้ำเจ้าพระยา ตำบลสำเภาล่ม อำเภอพระนครศรีอยุธยา
จังหวัดพระนครศรีอยุธยา

สร้างมาตั้งแต่สมัยกรุงศรีอยุธยา โดยอาคารหลังแรก ตามบันทึก
ของคณะบาทหลวงและ พระคุณเจ้าฟร็องซัว ปาลูว์
บันทึกไว้ว่า ได้สร้างในปี พ.ศ. 2205 หลังจากท่านมาเมืองไทยได้สามปี
และมีภาพประกอบแสดงไว้ด้วย โดยมีภาพประกอบแสดงไว้
ในหนังสือของท่าน ที่เขียนในปี พ.ศ. 2210-2211 ก็ปรากฏรูปโบสถ์แล้ว

วัดนักบุญยอแซฟ ถือเป็นศูนย์กลางของคริสตชนชาวสยามในสมัยกรุงศรีอยุธยา
มีประวัติมาตั้งแต่ในรัชสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช
เมื่อปีแยร์ ล็องแบร์ เดอ ลา ม็อตกับฟร็องซัว ปาลูว์ ได้เข้ามาทูลขอ
สร้างโบสถ์คริสต์และโรงเรียนสมเด็จพระนารายณ์จึงทรงพระราชทาน
ที่ดินแปลงหนึ่งให้

ซึ่งภายหลังเป็นที่รู้จักกันในสมัยนั้นว่า“ค่ายนักบุญยอแซฟ”
จนถึงการเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่สอง
โบสถ์ได้ถูกเผาทำลายและถูกปล้นสะดม
ทรัพย์สินไปหมด บาทหลวงฌ็อง-บาติสต์ ปาลกัว
จึงได้กลับมาบูรณะโบสถ์อีกครั้ง
ในปี พ.ศ. 2374 และโบสถ์หลังปัจจุบันคือ

ในสมัยคุณพ่อแปร์โร ที่ได้ทำพิธีเสก ในวันที่ 21 พฤศจิกายน พ.ศ. 2426
โบสถ์ได้ทำการบูรณะครั้งใหญ่ในปี พ.ศ. 2547 ปัจจุบันตัวโบสถ์
หลังปัจจุบันนี้มีอายุแล้วกว่า 136 ปี

วัดนักบุญยอแซฟ ได้รับรางวัลอนุรักษ์ศิลปสถาปัตยกรรมดีเด่น ในปี พ.ศ. 2548
จากสมาคมสถาปนิกสยามในพระบรมราชูปถัมภ์