พื้นที่ประเทศไทยยังแบ่งออกเป็นเมืองใหญ่เมืองน้อย ซึ่งต่างก็มีอิสระในการปกครอง เช่น ทางภาคเหนือมีอาณาจักรล้านนาและอาณาจักรสุโขทัย ทางภาคใต้มีเมืองนครศรีธรรมราช ส่วนทางภาคอีสานและภาคกลางก็มีอิทธิพลเขมรแพร่หลายอยู่ก่อนโดยมีศูนย์กลางสำคัญอยู่ที่เมืองลพบุรี
เชื่อกันว่าบริเวณเมืองอยุธยาเคยเป็นที่ตั้งของ “เมืองอโยธยา”ซึ่งเป็นเมืองหน้าด่านของลพบุรีมาก่อน โดยมีหลักฐานพระราชพงศาวดารกล่าวถึงการสร้างพระเจ้าพนัญเชิง เมื่อพุทธศักราช ๑๘๖๗ แสดงให้เห็นว่าขณะนั้นชุมชนอโยธยามีขนาดใหญ่ และมีฐานะทางเศรษฐกิจที่มั่นคงแล้ว
เมื่ออิทธิพลเขมรเริ่มเสื่อมลงตั้งแต่ต้นพุทธศตวรรษที่ ๑๙ เป็นต้นมา เมืองที่เคยอยู่ภายใต้การปกครองต่างตั้งตัวเป็นอิสระ ต่อมาในปลายพุทธศตวรรษที่ ๑๙ สมเด็จพระรามาธิบดีที่ ๑ หรือพระเจ้าอู่ทอง ทรงสถาปนากรุงศรีอยุธยาขึ้นเป็นศูนย์กลางทางการเมืองการปกครองในบริเวณที่ราบลุ่มภาคกลาง โดยรวบรวมเมืองที่มีความสัมพันธ์กันทางด้านเครือญาติเข้าด้วยกันอาทิ เมืองลพบุรี เมืองสุพรรณบุรี และเมืองสรรค์บุรี เป็นต้น
ในระยะแรกนั้นพระเจ้าอู่ทอง ทรงประทับอยู่ที่ “เวียงเหล็ก” นอกเกาะเมืองด้านทิศใต้ ซึ่งเป็นพระราชวังเดิมที่พระองค์ได้อุทิศพื้นที่วังให้เป็นวัดพุทไธศวรรย์ โดยย้ายมาประทับที่ “หนองโสน” ภายในเกาะเมือง ซึ่งเชื่อกันว่าคือ “บึงพระราม” อันเป็นตำบลที่พระเจ้าอู่ทองทรงสถาปนากรุงศรีอยุธยาและสร้างพระราชวังในบริเวณนี้
จากการดำเนินการขุดค้นทางโบราณคดีพื้นที่โดยรอบเกาะเมืองทางด้านทิศเหนือ ทิศตะวันออก (อโยธยา) และทิศใต้ ปรากฏร่องรอยของชุมชนโบราณที่มีหลักฐานการตั้งถิ่นฐานและสร้างศาสนสถานมาตั้งแต่สมัยอยุธยาตอนต้นและสืบเนื่องมาถึงสมัยอยุธยาตอนปลาย