กรุงศรีอยุธยาปกครองรูปแบบที่มีกษัตริย์ทรงเป็นพระประมุข ที่มีอำนาจสูงสุดในการปกครองแผ่นดินพระองค์ทรงมอบหมายให้พระบรมวงศานุวงศ์ และขุนนางปกครองดูแลเมืองลูกหลวงหลานหลวง และเมืองหน้าด่านต่างพระเนตรพระกรรณ ส่วนเมืองประเทศราชมีเจ้านายในราชวงศ์เก่าปกครอง ขึ้นตรงต่อกรุงศรีอยุธยาเมืองราชธานี

สมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ ทรงปฏิรูปการปกครอง ลดทอนอำนาจหัวเมือง ทรงแยกการบริหารราชการแผ่นดินออกเป็น 2 ฝ่าย คือฝ่ายทหาร มีสมุหพระกลาโหมเป็นผู้รับผิดชอบ ฝ่ายพลเรือน มีสมุหนายกเป็นผู้รับผิดชอบ ในฝ่ายพลเรือนนั้นยังแบ่งออกเป็น 4 กรม หรือจตุสดมภ์ คือสี่เสาหลัก ได้แก่ กรมเวียงหรือนครบาลทำหน้าที่ปกครองดูแลบ้านเมือง กรมวังหรือธรรมาธิกรณ์ ทำหน้าที่ดูแลกิจการที่เกี่ยวเนื่องกับงานต่างๆ ในพระราชวังและราชสำนัก กรมคลังหรือโกษาธิบดี ทำหน้าที่ดูแลด้านการค้า และการต่างประเทศกรมนา หรือเกษตราธิการ ทำหน้าที่ดูแลเรื่องเกษตรกรรม ซึ่งรูปแบบการปกครองนี้ใช้สืบต่อมาตลอดสมัยอยุธยา