เป็นวัดที่ได้รับความนิยมมากวัดหนึ่งที่จะขาดไม่ได้ในเทศกาลไหว้พระเก้าวัด พระเจ้าหงสาวดีบุเรงนองเป็นผู้สร้างภูเขาทองขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2112 คราวยกทัพมาตีกรุงศรีอยุธยา ในเวลาที่ประทับอยู่พระนครศรีอยุธยาได้สร้างพระเจดีย์ภูเขาทองใหญ่แบบมอญขึ้นไว้เป็นที่ระลึกเมื่อคราวรบชนะไทย โดยรูปแบบของฐานเจดีย์มีลักษณะคล้ายกับแบบมอญพม่า สันนิษฐานว่าสร้างเจดีย์องค์นี้ขึ้นเพื่อชัยชนะแต่ทำได้เพียงรากฐาน แล้วยกทัพกลับ ตั้งอยู่ทางทิศตะวันตกเฉียงเหนือ ห่างจากพระราชวังหลวงไปประมาณ 2 กิโลเมตร สามารถใช้เส้นทางเดียวกับทางไปจังหวัดอ่างทอง ทางหลวงหมายเลข 309 กิโลเมตรที่ 26จะมีป้ายบอกทางแยกซ้ายไปวัดนี้ วัดภูเขาทองนี้หนังสือคำให้การชาวกรุงเก่ากล่าวว่า ได้สร้างขึ้นในรัชสมัยสมเด็จพระราเมศวรเมื่อปี พ.ศ. 1930 ครั้งสมเด็จพระนเรศวรมหาราชทรงกอบกู้เอกราชกลับคืนมาเมื่อ พ.ศ. 2127 จึงโปรดเกล้าให้สร้างเจดีย์แบบไทยไว้เหนือฐานแบบมอญและพม่าที่สร้างเพียงรากฐานไว้ ณ สมรภูมิทุ่งมะขามหย่อง ฝีมือช่างมอญเดิมจึงปรากฏเหลือเพียงฐานทักษิณส่วนล่างเท่านั้น เจดีย์ภูเขาทองจึงมีลักษณะสถาปัตยกรรมสองแบบผสมกัน
29 กรกฎาคม -4 สิงหาคม 2566 วัดภูเขาทองวางแผนจัดงานย้อนประวัติศาสตร์วัดภูเขาทอง ทั้งนี้ ความเป็นมา ในโอกาสครบ 254 ปี แห่งการสร้างวัดภูเขาทอง คณะกรรมการวัดได้ประชุมหารือ มีมติให้จัดงานวัดภูเขาทอง เพื่อทำบุญอุทิศถวาย แต่บูรพมหากษัตราธิราช เหล่าบรรพบุรุษ ทหารกล้า และผู้ที่ล่วงลับไปแล้ว โดยกำหนดวันเปิดงานในวันที่ 29 กรกฎาคม ของทุกปีเป็นต้นไป ด้วยกำหนดวันที่ 29 เป็นวันครองสิริราชสมบัติ ขององค์สมเด็จพระนเรศวรมหาราช
วัดภูเขาทอง เป็นวัดโบราณในจังหวัดพระนครศรีอยุธยา สันนิษฐานว่าสร้างขึ้นในรัชสมัยสมเด็จพระราเมศวร เมื่อ พ.ศ. 1930 มีเจดีย์ใหญ่ที่ชื่อว่า เจดีย์ภูเขาทอง เจดีย์ภูเขาทอง เป็นเจดีย์ที่สูงใหญ่ มีความสูงประมาณ 90 เมตรตั้งอยู่กลางทุ่งนาซึ่งสามารถใช้สังเกตเห็นศัตรูได้แต่ไกล เมื่อ พ.ศ. 2112 พระเจ้าบุเรงนองแห่งเมืองหงสาวดีได้ยกทัพเข้ามาตีกรุงศรีอยุธยาได้สำเร็จ จึงได้สร้างพระเจดีย์ใหญ่แบบมอญขึ้นไว้เป็นอนุสรณ์ที่วัดนี้ ในรัชสมัยสมเด็จพระเจ้าบรมโกศ ได้ทำการปฏิสังขรณ์องค์เจดีย์ใหม่ เปลี่ยนรูปจากเจดีย์มอญเป็นรูปเจดีย์ย่อไม้สิบสองที่กำลังนิยมอยู่ในขณะนั้น ส่วนฐานนั้นเป็นคงศิลปะมอญ กรมโยธาธิการและผังเมืองได้ร่วมกับกรมศิลปากรจัดสร้างพระบรมราชานุสาวรีย์สมเด็จพระนเรศวรมหาราชทรงม้าไว้บริเวณด้านหน้าวัดภูเขาทอง ในบริเวณใกล้เคียงกันกับพระราชานุสาวรีย์สมเด็จพระสุริโยทัยที่กรมโยธาธิการฯ ได้สร้างไว้ก่อนหน้า เชื่อกันว่าบริเวณนี้เดิมเป็นทุ่งโล่งที่มีการตั้งทัพข้าศึก และเกิดการทำการยุทธหัตถีในหลายครั้งหลายสมัย
วัตถุประสงค์ เพื่อสมโภชน์วัด ให้วัฒนาถาวร เป็นงานประจำปีของวัดสืบเนื่องต่อไป ดังวัดภูเขาทอง กรุงเทพ เพื่อทำบุญทักษิณานุปทาน อุทิศถวายแต่บุรพมหากษัตริย์ บรรบุรุษ เหล่าทหารกล้า ตั้งแต่ครั้งกรุงศรีอยุธยา เพื่อส่งเสริมศิลปวัฒนธรรม ประเพณี ตั้งแต่โบราณ ให้คงไว้ ดังเช่น ประเพณีไหว้มหาเจดีย์ เพลงเรือ เพื่อให้เป็นเทศการประจำถิ่น ของจังหวัดพระนครศรีอยุธยา เทศการบูชาพระวัดภูเขาทอง