สมเด็จพระนเรศวรมหาราช ทรงกู้เอกราชคืนมาได้ใน พ.ศ. 2127 และ เสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่ 2 ใน พ.ศ. 2310

สมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช ทรงกอบกู้เอกราชได้ในปลายปีเดียวกันแล้วทรงสถาปนา กรุงธนบุรีเป็นราชธานีแห่งใหม่ โดยกวาดต้อนผู้คนจากกรุงศรีอยุธยาไปยังกรุงธนบุรีเพื่อสร้างเมืองใหม่

แต่กรุงศรีอยุธยาไม่ได้ กลายเป็นเมืองร้าง ยังคงมีคนรักถิ่นฐานบ้านเดิมอาศัยอยู่และราษฎรที่หลบหนีไปได้กลับเข้ามาอยู่รวมกัน ต่อมาได้รับการยกย่อง เป็นเมืองจัตวาเรียก “เมืองกรุงเก่า”