วัดนักบุญยอแซฟ อยุธยา (อังกฤษ: Saint Joseph Catholic Church, Ayutthaya) เป็นโบสถ์คริสต์นิกายโรมันคาทอลิกแห่งแรกในประเทศไทย ตั้งอยู่ริมแม่น้ำเจ้าพระยา ตำบลสำเภาล่ม อำเภอพระนครศรีอยุธยาจังหวัดพระนครศรีอยุธยา สร้างมาตั้งแต่สมัยกรุงศรีอยุธยา โดยอาคารหลังแรก ตามบันทึกของคณะบาทหลวงและพระคุณเจ้าฟร็องซัว ปาลูว์ บันทึกไว้ว่า ได้สร้างในปี พ.ศ. 2205 หลังจากท่านมาเมืองไทยได้สามปี และมีภาพประกอบแสดงไว้ด้วย โดยมีภาพประกอบแสดงไว้ในหนังสือของท่าน ที่เขียนในปี พ.ศ. 2210-2211 ก็ปรากฏรูปโบสถ์แล้ว

ข้อมูลอีกแหล่งหนึ่ง ในพงศาวดาร ฉบับที่ 32 ที่จัดทำขึ้นภายหลังสมัยหมอบรัดเลย์ มีข้อมูลว่า สร้างขึ้นครั้งแรกหลังขอพระราชทานที่ดิน ซึ่งเป็นที่นาชั้นดี ริมคลองด้านท้ายเกาะ ในราวปี พ.ศ. 2209 ครั้งแรกทำเป็นเรือนไม้ขึ้นก่อนสองหลัง ก่ออิฐด้านล่าง ยกพื้นสูงเพราะน้ำท่วมเสมอ และอาคารหนึ่งมีสองชั้น หลังคากระเบื้อง อีกอาคารหลังคาดินเผา ที่เหตุใช้หลังคากระเบื้องเพื่อกันไฟ เพราะมีเอกสารการสอน และตำราต่างๆ อาคารทั้งสอง ทำหน้าที่โบสถ์ ในชั้นบน และมีการเรียนการสอน และเป็นที่อยู่อาศัยบาทหลวงส่วนหนึ่ง

อย่างไรก็ตาม ในการบันทึกของบาทหลวงฟร็องซัว-ตีมอเลอง เดอ ชัวซี ที่เข้ามาพร้อมกับคณะทูต กล่าวชมโดยสรุปว่า วัดนี้มีนักเรียนจากนานาประเทศเข้าศึกษา การจัดการดีมาก นักเรียนชาวญวนและเขมรอ่านภาษาละตินได้ดี มีไทยและมอญด้วยเช่นกัน กิจการเจริญดี น่าจะได้ก่อสร้างแบบก่ออิฐถือปูนในอนาคต และในเวลานั้น บันทึกไว้ในวันอาทิตย์ที่ 21 เดือนตุลาคม พ.ศ. 2228 ก็ยังไม่ได้ก่อสร้างเป็นอิฐ

แต่ในข้อมูลแหล่งอื่นในประเทศไทยแสดงว่าก่อสร้างครั้งแรกหลังจากนั้นมาก เกือบ 20 ปี (โดยข้อมูลแสดงว่าเป็นอาคารไม้ สร้างเมื่อวันที่ 25 มีนาคม พ.ศ. 2228 และได้ปรับปรุง บูรณะเรื่อยมาจนกระทั่งเป็นหลังปัจจุบัน คือ หลังที่ 4 ในปี พ.ศ. 2426 โดยมีคุณพ่อแปร์โร อธิการโบสถ์ในขณะนั้น และโจอาคิม แกรซี สถาปนิกชาวอิตาลีร่วมกันออกแบบ ตัวโบสถ์เป็นสถาปัตยกรรมฟื้นฟูโรมาเนสก์ มีหอระฆัง 1 หอ ซึ่งคล้ายคลึงกับรูปแบบโบสถ์คาทอลิกไทยทั่ว ๆ ไป เช่น วัดซางตาครู้ส วัดคอนเซ็ปชัญ ฯลฯ

วัดนักบุญยอแซฟ ถือเป็นศูนย์กลางของคริสตชนชาวสยามในสมัยกรุงศรีอยุธยา มีประวัติมาตั้งแต่ในรัชสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช เมื่อปีแยร์ ล็องแบร์ เดอ ลา ม็อต กับฟร็องซัว ปาลูว์ ได้เข้ามาทูลขอสร้างโบสถ์คริสต์และโรงเรียน สมเด็จพระนารายณ์จึงทรงพระราชทานที่ดินแปลงหนึ่งให้ ซึ่งภายหลังเป็นที่รู้จักกันในสมัยนั้นว่า “ค่ายนักบุญยอแซฟ”จนถึงการเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่สอง โบสถ์ได้ถูกเผาทำลายและถูกปล้นสะดมทรัพย์สินไปหมด บาทหลวงฌ็อง-บาติสต์ ปาลกัว จึงได้กลับมาบูรณะโบสถ์อีกครั้ง ในปี พ.ศ. 2374 และโบสถ์หลังปัจจุบันคือในสมัยคุณพ่อแปร์โร ที่ได้ทำพิธีเสกในวันที่ 21 พฤศจิกายน พ.ศ. 2426 โบสถ์ได้ทำการบูรณะครั้งใหญ่ในปี พ.ศ. 2547[6] ปัจจุบันตัวโบสถ์หลังปัจจุบันนี้มีอายุแล้วกว่า 137 ปี

วัดนักบุญยอแซฟ ได้รับรางวัลอนุรักษ์ศิลปสถาปัตยกรรมดีเด่น ในปี พ.ศ. 2548 จากสมาคมสถาปนิกสยามในพระบรมราชูปถัมภ์