ตั้งขึ้นตามโครงการที่นักวิชาการไทยและนักวิชาการญี่ปุ่นปรับขยายมาจากข้อเสนอเดิมของสมาคมไทย-ญี่ปุ่น และจังหวัดพระนครศรีอยุธยาซึ่งเคยเสนอปรับปรุงบริเวณที่เคยเป็นหมู่บ้านญี่ปุ่น ให้จัดสร้างเป็นพิพิธภัณฑ์หมู่บ้านญี่ปุ่น มาเป็นการเสนอให้จัดตั้งเป็นศูนย์ศึกษาประวัติศาสตร์อยุธยา ซึ่งจะทำหน้าที่เป็นสถาบันวิจัยและพิพิธภัณฑสถานเกี่ยวกับราชอาณาจักรอยุธยาโดยรวม และได้รับงบประมาณช่วยเหลือแบบให้เปล่าจากรัฐบาลญี่ปุ่นเป็นเงิน 999 ล้านเยน เพื่อเป็นการเฉลิมพระเกียรติในพระบรมราชวโรกาสที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงเจริญพระชนมพรรษาครบ 60 พรรษา และเพื่อเป็นที่ระลึกในโอกาสที่มิตรภาพระหว่างประเทศญี่ปุ่นกับราชอาณาจักรไทยได้สถาวรยืนนานมาครบ 100 ปี
  

ศูนย์แห่งนี้เปิดทำการทุกวัน(วันจันทร์-ศุกร์และวันหยุดนักขัตฤกษ์ เวลา 09.00-16.30น. วันเสาร์-อาทิตย์ เวลา 09.00-17.00น.) อัตราค่าเข้าชมสำหรับนักเรียน และนักศึกษา ในเครื่องแบบ 5 บาท ประชาชนทั่วไป 20 บาท นักเรียนต่างชาติ 50 บาท ชาวต่างประเทศ 100 บาท สอบถามรายละเอียดเพิ่มเติม โทร. (035)245123-4