หมู่บ้านญี่ปุ่นเป็นชุมชนชาวญี่ปุ่นในกรุงศรีอยุธยานั้นเริ่มมีขึ้นราวสมัยสมเด็จพระมหาธรรมราชา ช่วงปลายพุทธศตวรรษที่ 21

โดยเริ่มต้นมาจากชุมชนเล็กๆ ของพ่อค้าเรือสำเภาชาวญี่ปุ่น ซึ่งภายในหมู่บ้านนั้นสันนิษฐานว่ามีชาวญี่ปุ่นอยู่ 3 กลุ่มด้วยกัน คือ พ่อค้าโรนินหรือนักรบญี่ปุ่นที่เข้ามาเป็นทหารอาสาญี่ปุ่นในอยุธยา และชาวญี่ปุ่นที่นับถือศาสนาคริสต์ เดินทางออกจากญี่ปุ่นเพื่อเสรีภาพในการนับถือศาสนา

ต่อมาได้รับพระมหากรุณาธิคุณจากพระมหากษัตริย์พระราชทานที่ดินให้ตั้งหมู่บ้าน ที่ตั้งของหมู่บ้านญี่ปุ่นนี้ก็อยู่ในบริเวณที่ตั้งเดิมของชุมชนชาวญี่ปุ่นเมื่อครั้งกรุงศรีอยุธยา ที่ตั้งอยู่ทางฝั่งตะวันออก ริมแม่น้ำเจ้าพระยาทางตอนใต้ของเกาะเมือง โดยในสมัยนั้น ฝั่งตรงข้ามแม่น้ำเป็นชุมชนชาวโปรตุเกส ส่วนที่ติดกับด้านเหนือของหมู่บ้านญี่ปุ่นจะมีคลองเล็กๆ คั่นเป็นชุมชนอังกฤษและชุมชนฮอลันดา

บทบาทในการเชื่อมสัมพันธ์ทางการค้าระหว่างไทยและญี่ปุ่น ได้รับการยกย่องในความซื่อสัตย์จงรักภักดีต่อพระมหากษัตริย์ผู้เป็นเจ้านาย และมีการจัดแสดงรูปปั้นของออกญาเสนาภิมุข ท้าวทองกีบม้า (มารี ดอญา กีมาร์ เดอ ปีนา) ซึ่งเป็นชาวอยุธยาลูกครึ่งเชื้อสายโปรตุเกส-ญี่ปุ่น อาศัยอยู่ในหมู่บ้านโปรตุเกส

ต่อมาได้สมรสกับออกญาวิชาเยนทร์ หรือ คอนสแตนติน ฟอลคอน (เสนาบดีกรมท่าในสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช) โดยในช่วงปลายชีวิตได้เข้ารับราชการในตำแหน่งท้าวทองกีบม้า หัวหน้าพนักงานวิเสทกลาง (ครัว) ดูแลของหวานแบบเทศ และได้รับการยกย่องว่าเป็นต้นตำรับขนมตระกูลทอง ไม่ว่าจะเป็น ทองหยิบ ทองหยอด ฝอยทอง ซึ่งได้รับอิทธิพลมาจากอาหารของโปรตุเกสนั่นเอง