วัดเจ้าย่า เป็นวัดร้างตั้งอยู่หมู่ที่ ๒ 
ต.คลองสระบัว อ.พระนครศรีอยุธยา จังหวัดพระนครศรีอยุธยา

วัดนี้ตั้งอยู่ริมฝั่งตะวันออกของคลองสระบัว ซึ่งอยู่นอกเกาะเมือง ห่างจากหน้าวัดพระเมรุไปทางทิศตะวันออกเฉียงเหนือราว ๑ กิโลเมตรเศษ ตามเส้นทางที่จะไปเพนียดคล้องช้าง

คลองสระบัวเป็นเส้นทางคมนาคมสำคัญในสมัยโบราณมาตั้งแต่สมัยอยุธยาตอนต้น เป็นเส้นทางลัดระหว่างคลองคูเมืองกับคลองบางขวด ในสมัยอยุธยาพระมหากษัตริย์มักจะเสด็จไปเพนียดคล้องช้างโดยออกจากพระราชวังตรงคลองท่อ แล้วเลี้ยวเข้าคลองสระบัว ตัดตรงไปออกคลองบางขวดสู่เพนียดคล้องช้าง คลองสระบัวนี้มีบันทึกไว้ในประวัติศาสตร์ว่า

เมื่อ พ.ศ. ๒๐๗๒ เจ้าแม่อยู่หัวศรีสุดาจันทร์กับขุนวรวงศาธิราชเสด็จไปคล้องช้างที่เพนียด ผ่านมาทางคลองสระบัว ขุนพิเรนทรเทพกับพวกได้เข้าสกัดกระบวนเรือพระที่นั่งจับเจ้าแม่อยู่หัวศรีสุดาจันทร์ ขุนวรวงศาธิราช และราชบุตรที่เกิดด้วยกันฆ่าเสีย ความปรากฏในพระราชพงศาวดารกรุงศรีอยุธยาว่า

“​ครั้นเช้าตรู่ขุนวรวงศาธิราชกับแม่เจ้าอยู่หัวศรีสุดาจันทร์และราชบุตรที่เกิดด้วยกันนั้น ทั้งพระศรีศิลปก็ลงเรือพระที่นั่งลำเดียวกันมาตรงคลองสระบัว ขุนอินทรเทพก็ตามประจำมา ฝ่ายขุนพิเรนทรเทพ พระยาพิชัย พระยาสวรรคโลก หลวงศรียศ หมื่นราชเสน่หาในราชการ ครั้นเห็นเรือพระที่นั่งขึ้นมาก็พร้อมกันออกสกัด ขุนวรวงศาธิราชร้องไปว่าเรือใครตรงเข้ามา ขุนพิเรนทรเทพก็ร้องตอบไปว่า กูจะมาเอาชีวิตเองทั้งสอง ฝ่ายขุนพิเรนทรเทพก็เร่งให้พาย รีบกระหนาบเรือพระที่นั่งขึ้นมา แล้วช่วยกันเข้ากลุ้มรุมจับขุนวรวงศาธิราชกับแม่เจ้าอยู่หัวศรีสุดาจันทร์และบุตรซึ่งเกิดด้วยกันนั้นฆ่าเสียแล้วให้เอาศพไปเสียบประจาน ณ วัดแร้ง”