ย้อนกลับไปปี พ.ศ. 1900 สมเด็จพระรามาธิบดีที่ 1 หรือพระเจ้าอู่ทอง
ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ขุดศพเจ้าแก้ว และเจ้าไทซึ่งสิ้นพระชนม์เพราะ
โรคอหิวาตกโรคขึ้นมาเผา และโปรดให้สถาปนาบริเวณที่เผาศพ
เป็นพระอารามชื่อว่า วัดป่าแก้ว จากนั้นเป็นต้นมา
ก็มีคณะสงฆ์จากสำนักรัตนมหาเถระ ประเทศศรีลังกา
ซึ่งเป็นที่เคารพของชาวบ้านในสมัยนั้นมาพำนักอยู่
ทำให้มีคนมาบวชเรียนที่นี่เป็นจำนวนมาก

พระเจ้าอู่ทองจึงทรงตั้งอธิบดีสงฆ์นิกายนี้เป็นสมเด็จพระวันรัต และแต่งตั้งให้เป็นประธานสงฆ์
วัดแห่งนี้จึงเปลี่ยนชื่อมาเป็นวัดเจ้าพระยาไทยคณะป่าแก้ว ในที่สุด

เนื่องจากวัดแห่งนี้มาอายุมานานกว่า 600 ปี ที่นี่จึงเต็มไปด้วยประวัติศาสตร์ต่าง ๆ มากมาย
และหนึ่งในเรื่องที่เล่าขานกันมาคือชัยชนะ ของสมเด็จพระนเรศวรซึ่งตั้งอยู่ที่วัดแห่งนี้
โดยเรื่องที่เล่าต่อกันมานั้นมีอยู่ว่าครั้งหนึ่งพม่าได้ยกทัพเข้ามาในขอบขัณฑสีมา
สมเด็จพระนเรศวรและสมเด็จพระเอกาทศรถก็ได้นำทัพออกไปรบ โดยพระองค์ทรงขับช้าง
ไปอยู่กลางวงล้อมข้าศึกเพื่อยิงปืนใส่พระมหาอุปราชมังกะยอชวาและพระคชาธาร
ก่อนจะประกาศชวนทำยุทธหัตถี พระมหาอุปราชจึงไสยช้างออกมาทำยุทธหัตถีด้วย
ซึ่งตอนนั้นเองที่สมเด็จพระนเรศวรทรงใช้พระแสงของ้าวฟันพระมหาอุปราชจน
ขาดสะพายแล่ง หลังกลับจากศึกพระองค์ทรงลงโทษประหารชีวิตทหารที่ตามไปไม่ทัน

แต่ระหว่างที่รออาญา สมเด็จพระวันรัต
และพระสงฆ์ 25 รูปก็ได้ขอพระราชทานอภัยโทษ
จากสมเด็จพระนเรศวร โดยให้เหตุผลว่าพระองค์
เป็นเหมือนพระสัมมาสัมพุทธเจ้าที่แวดล้อม
ด้วยหมู่มารก่อนที่จะตรัสรู้ เป็นการประกาศเกียรติ
บารมีความกล้าหาญ และความเก่งกาจของพระองค์
ให้ได้รู้กันทั่วแผ่นดินด้วยเหตุนี้พระองค์จึงพระราชทานอภัยโทษ
แก่ทหาร และโปรดให้สร้างเจดีย์องค์ใหญ่ขึ้น
เพื่อเป็นสัญลักษณ์แห่งชัยชนะและความ
มีน้ำพระทัยของพระองค์ที่มีต่อทหาร
โดยพระราชทานนามเจดีย์นี้ว่า #เจดีย์ชัยมงคล