ศูนย์กลางของกรุงศรีอยุธยา คือ ส่วนที่เป็นเกาะเมือง มีแม่น้ำล้อมรอบ 3 สาย

ตัวเกาะมีกำแพงเมืองล้อมรอบอีกชั้นหนึ่ง เมื่อแรกสร้างเมืองในสมัยพระเจ้าอู่ทองนั้นกำแพงเมืองทำด้วยดิน มาเป็นกำแพงอิฐสมัยสมเด็จพระมหาจักรพรรดิ

กำแพงเมืองมีความยาวโดยรอบประมาณ 12.5 กิโลเมตร หนา 5 เมตร สูง 6 เมตร มีป้อมปืนประจำอยู่โดยรอบ จำนวน 16 ป้อม มีประตุเมือง 18 ประตู ประตูช่องกุด 16 ประตู ประตูน้ำ 20 ประตู รวมทั้งสิ้น 99 ประตู