พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช ทรงยกเมืองกรุงเก่าขึ้นเป็นหัวเมืองจัตวาเช่นเดียวกับสมัยกรุงธนบุรี หลังจากนั้น พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว โปรดให้จัดการปฏิรูปการปกครองทั้งส่วนกลางและส่วนภูมิภาคโดยการปกครองส่วนภูมิภาคนั้นโปรดให้จัดการปกครองแบบเทศาภิบาลขึ้นโดยให้รวมเมืองที่ใกล้เคียงกัน 3 – 4 เมือง ขึ้นเป็นมณฑล มีข้าหลวงเทศาภิบาลเป็นผู้ปกครอง โดยในปี พ.ศ. 2438 ทรงโปรดให้จัดตั้งมณฑลกรุงเก่าขึ้น ประกอบด้วยหัวเมืองต่าง ๆ คือ กรุงเก่าหรืออยุธยา อ่างทอง สระบุรี ลพบุรี พรหมบุรี อินทร์บุรี และสิงห์บุรี ต่อมาโปรดให้รวมเมืองอินทร์ และเมืองพรหมเข้ากับเมืองสิงห์บุรี ตั้งที่ว่าการมณฑลที่อยุธยา และต่อมาในปี พ.ศ. 2469 เปลี่ยนชื่อจากมณฑลกรุงเก่าเป็นมณฑลอยุธยา ซึ่งจากการจัดตั้งมณฑลอยุธยามีผลให้อยุธยามีความสำคัญทางการบริหาร การปกครองมากขึ้นการสร้างสิ่งสาธารณูปโภคหลายอย่างมีผลต่อการพัฒนาเมืองอยุธยาในเวลาต่อมา จนเมื่อยกเลิกการปกครองระบบเทศาภิบาล ภายหลังการเปลี่ยนแปลงการปกครอง พ.ศ. 2475 อยุธยาจึงเปลี่ยนฐานะเป็นจังหวัดพระนครศรีอยุธยาจนถึงปัจจุบัน

ในสมัยจอมพล ป.พิบูลสงคราม เป็นนายกรัฐมนตรีได้มีนโยบายบูรณะโบราณสถานภายในเมืองอยุธยาเพื่อเป็นการฉลองยี่สิบห้าพุทธศตวรรษประจวบกับในปี พ.ศ.2498นายกรัฐมนตรีประเทศพม่าเดินทางมาเยือนประเทศไทยและมอบเงินจำนวน200,000 บาท เพื่อปฏิสังขรณ์วัดและองค์พระมงคลบพิตร เป็นการเริ่มต้นการบูรณะโบราณสถานในอยุธยาอย่างจริงจัง ซึ่งต่อมากรมศิลปากรเป็นหน่วยงานสำคัญในการดำเนินการ จนองค์การศึกษาวิทยาศาสตร์และวัฒนธรรมแห่งสหประชาชาติหรือยูเนสโก มีมติให้ขึ้นทะเบียนนครประวัติศาสตร์พระนครศรีอยุธยาเป็น ” มรดกโลก ” เมื่อวันที่ 13 ธันวาคม 2534มีพื้นที่ครอบคลุมในบริเวณโบราณสถานเมืองอยุธยา