ก่อนจะเกิดการเสียกรุงครั้งที่ 2 วัดไชยวัฒนารามเคยเป็นวัดหลวงที่บำเพ็ญพระราชกุศลของพระมหากษัตริย์มาแล้วหลายต่อหลายพระองค์ และเป็นที่ถวายพระเพลิงศพพระบรมวงศานุวงศ์เกือบทุกพระองค์มาแล้ว แต่อีกหนึ่งเหตุการณ์สำคัญที่เกิดขึ้นที่นี่คือ

ในปี พ.ศ.2310 วัดไชยวัฒนารามถูกแปลงเป็นค่ายตั้งรับศึก จนกระทั่งเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่ 2 วัดแห่งนี้ก็ถูกทิ้งร้างเป็นเวลานาน มีโจรเข้ามาตัดเศียรพระพุทธรูป รื้ออิฐพระอุโบสถและกำแพงวัดไปขาย จนวัดเสียหายหลายจุด

แต่ในปี พ.ศ.2478 วัดไชยวัฒนารามได้รับประกาศขึ้นทะเบียนเป็นโบราณสถานของชาติ กรมศิลปากรจึงเข้ามาช่วยดูแล ดำเนินการบูรณะมาตลอด จนเสร็จสิ้นในปี พ.ศ.2535 และได้รับการขึ้นทะเบียนเป็นมรดกโลกในปีเดียวกัน