เริ่มตั้งแต่กลางคริสต์ศตวรรษที่ 16 ราชอาณาจักรอยุธยาถูกราชวงศ์ตองอูแห่งพม่าโจมตีหลายครั้ง สงครามครั้งแรกคือ สงครามพระเจ้าตะเบงชะเวตี้ เมื่อ พ.ศ.2091-92 แต่ล้มเหลว การรุกรานครั้งที่ 2 ของพม่า หรือเรียกว่า “สงครามช้างเผือก” เมื่อ พ.ศ.2106 พระเจ้าบุเรงนองทรงบังคับให้สมเด็จพระมหาจักรพรรดิยอมจำนน พระบรมวงศานุวงศ์ทรงถูกพาไปยังอังวะ และสมเด็จพระมหิทรา พระราชโอรสองค์โต ทรงได้รับการแต่งตั้งเป็นเจ้าประเทศราช เมื่อ พ.ศ.2111 พม่ารุกรานอีกเป็นครั้งที่สาม และสามารถยึดกรุงศรีอยุธยาได้ในปีต่อมา หนนี้พระเจ้าบุเรงนองทรงแต่งตั้งสมเด็จพระมหาธรรมราชาธิราชเป็นเจ้าประเทศราช

การฟื้นตัว

หลังจากที่พระเจ้าบุเรงนองเสด็จสวรรคตเมื่อ พ.ศ.2124 สมเด็จพระมหาธรรมราชาธิราชทรงประกาศเอกราชแก่กรุงศรีอยุธยาในอีกสามปีต่อมา อยุธยาต่อสู้ป้องกันการรุกรานของรัฐหงสาวดี (พม่า) หลายครั้ง จนในครั้งสุดท้าย สมเด็จพระนเรศวรมหาราช (พระ-น-เหรด-วอ-ระ-มะ-หา-ราด) ทรงปลงพระชนม์เมงจีสวา (Mingyi Swa) อุปราชของพม่าได้ในสงครามยุทธหัตถีเมื่อ พ.ศ.2136 จากนั้น อยุธยากลับเป็นฝ่ายบุกบ้าง โดยยึดชายฝั่งตะนาวศรีทั้งหมดขึ้นไปจนถึงเมาะตะมะใน พ.ศ.2138 และล้านนาใน พ.ศ.2145 สมเด็จพระนเรศทรงถึงกับรุกรานเข้าไปในพม่าลึกถึงเมืองตองอู ใน พ.ศ.2143 แต่ทรงถูกขับออกมา หลังสมเด็จพระนเรศเสด็จสวรรคต เมื่อ พ.ศ.2148 ตะนาวศรีตอนเหนือและล้านนาก็ตกเป็นของรัฐอังวะ (พม่า) อีกใน พ.ศ.2157 อยุธยาพยายามยึดรัฐล้านนาและตะนาวศรีตอนเหนือกลับคืนระหว่าง พ.ศ.2205-07 แต่ก็ล้มเหลว

การค้าขายกับต่างชาติไม่เพียงแต่ให้อยุธยามีสินค้าฟุ่มเฟีอยเท่านั้น แต่ยังได้รับอาวุธยุทโธปกรณ์ใหม่ ๆ ด้วย. กลางคริสต์ศตวรรษที่ 17 ระหว่างรัชสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช อยุธยามีความเจริญรุ่งเรืองมาก แต่ในคริสต์ศตวรรษที่ 18 อยุธยาค่อย ๆ สูญเสียการควบคุมเหนือหัวเมืองรอบนอก เจ้าเมืองเอกโทรอบนอกใช้อำนาจของตนอย่างอิสระ และเริ่มแข็งข้อต่ออยุธยา