ระบบการปกครองของอยุธยาเป็นระบบ “ราชาธิราชผสมกับศักดินา” กล่าวคือกษัตริย์มีอำนาจสูงสุด แต่ก็ยังมีการแบ่งชนชั้นปกครองเป็น พระมหากษัตริย์-ขุนนาง-พระสงฆ์-ราษฎร ออกเป็นหมวดหมู่อย่างชัดเจน มีการเกณฑ์แรงงาน “ไพร่” และการเก็บอากร “ส่วย” เป็นผลิตผลและตัวเงิน พระเจ้าแผ่นดินทรงผูกขาดการค้ากับต่างประเทศ

การแบ่งชนชั้นของความเป็นเจ้าและขุนนาง มิได้มีการแบ่งตายตัวทั้งนี้เพราะการสืบราชสมบัติ บางครั้งขุนนางก็สามารถขึ้นมายึดอำนาจตั้งราชวงศ์
ใหม่ได้ ดังจะเห็นในกรณีของขุนวรวงศาธิราช หรือในกรณีของราชวงศ์ปราสาททองและราชวงศ์บ้านพลูหลวง

สำหรับราษฎรทั่วไปนั้น ออกแบ่งออกเป็น “ไพร่” โดยต้องมีสังกัดขึ้นกับ “มูลนาย” อย่างแน่นอน มีการแบ่งเป็น “ไพร่หลวง” และ “ไพร่สม” (ไพร่หลวงขึ้นตรงต่อพระเจ้าแผ่นดิน ไพร่สมขึ้นเจ้าหรือขุนนาง) ไพร่ทั้งสองแบบมีหน้าที่ที่จะต้องถูกเกณฑ์แรงงานทำงานให้กับนายของตน และถูกเกณฑ์เป็นทหารเมื่อเวลามีสงคราม นอกจากนี้ยังมี “ไพร่ส่วย” ซึ่งเป็นไร่ที่เอาผลิตผลมาเสียภาษีแทนการเกณฑ์แรงงาน ไพร่แบบนี้จะเป็นราษฎรที่อยู่ห่างไกลออกไปและอยู่ในพื้นที่ที่มีผลิตผลจากป่าหรือจากแผ่นดิน