วัดภูเขาทอง ตั้งอยู่บริเวณยุทธภูมิครั้งสำคัญระหว่างกองทัพอยุธยากับกองทัพพม่า ทั้ง 2 ยุคสมัยของการเสียกรุง ตั้งอยู่นอกเกาะกรุงศรีอยุธยา ตามพระราชพงศาวดารอยุธยากล่าวว่า วัดภูเขาทอง นั้น สถาปนาในรัชสมัยพระราเมศวร หรือสมัยต้นอยุธยา แต่ในคราวสงครามที่พระเจ้าบุเรงนองแห่งพม่ามีชัยเหนืออยุธยาในคราวเสียกรุง ครั้งที่ 1 นั้น พระเจ้าบุเรงนองทรงให้สร้างเจดีย์ก่อทับองค์เจดีย์เดิมของวัดแห่งนี้ หลังจากนั้นจึงได้มีการบูรณปฏิสังขรณ์ให้เป็นมหาเจดีย์ในภายหลัง จึงหลงเหลือส่วนฐานนั้นเท่านั้นที่ยังคงเป็นรูปแบบมอญดังเดิม

หลังการเสียกรุงศรีอยุธยา ครั้งที่ 2 วัดภูเขาทอง ได้กลายเป็นวัดร้างเรื่อยา แต่พระมหาเจดีย์ก็ยังเป็นสถานที่สำคัญทางพุทธศาสนาที่มีคนเดินทางมากราบไหว้ ดังเช่นที่ปรากฏเป็น นิราศภูเขาทอง ของ สุนทรภู่ ที่เดินทางมานมัสการขณะบวชเป็นพระภิกษุ ในรัชสมัยรัชกาลที่ 3 แห่งกรุงรัตนโกสินทร์

เจดีย์ภูเขาทอง เจดีย์ที่รำลึกถึงคราวเสียกรุงครั้งที่ 1 เจดีย์ภูเขาทอง คาดว่าได้รับการบูรณปฏิสังขรณ์ให้เป็นมหาเจดีย์สูงเด่นในระหว่างรัชสมัยพระมหาธรรมราชาถึงสมัยพระเพทราชา (ระหว่าง พ.ศ.2112 – 2246) และมีการบูรณปฏิสังขรณ์ใหญ่อีกครั้งในสมัยพระเจ้าบรมโกศ หรืออยุธยาตอนปลาย มีลักษณะเป็นฐานทักษิณ 4 ชั้น รูปสี่เหลี่ยมจัตุรัส ทั้ง 4 ด้านมีบันไดขึ้นไปจนถึงฐานทักษิณชั้นบนสุด มีฐานสี่เหลี่ยมขององค์เจดีย์ที่มีอุโมงค์รูปโค้งเข้าไปข้างใน ซึ่งมีพระพุทะรูปประดิษฐานอยู่ 1 องค์ สูงขึ้นไปเป็นฐานแปดเหลี่ยม องค์ระฆัง บัลลังก์ ส่วนเหนือขึ้นไปที่เป็นปล้องไฉน ปลียอด และลูกแก้วนั้น ของเดิมได้พังไปแล้วตั้งแต่สมัยต้นรัตนโกสินทร์ ซึ่งได้มีการซ่อมแซมขึ้นใหม่ในสมัยรัฐบาลจอมพล ป.พิบูลสงคราม เมื่อปี พ.ศ.2499 ในครั้งนั้น ได้ทำลูกแก้วด้วยทองคำหนัก 2,500 กรัม อันหมายถึง การบูรณะในวาระฉลอง 25 พุทธศตวรรษของไทยนั่นเอง