เป็นสถานีชั้น 1 ประจำจังหวัดพระนครศรีอยุธยาอยู่ในโครงการ SMARTStation ระยะที่ 1 ตั้งอยู่ที่ สทล. 71/1ตำบลกะมัง อำเภอพระนครศรีอยุธยา จังหวัพระนครศรีอยุธยา
เขตพื้นที่ตั้งของสถานรถไฟอยุธยาตั้งอยู่นอกเกาะเมือง ฝั่งตะวันออกริมแม่น้ำป่าสัก เป็นสถานีระดับที่ 1 ขบวนรถไฟทุกขบวน จะจอดรับส่งที่สถานีนี้ สถานีรถไฟอยุธยาตัวอาคารเดิมสมัยรัชกาลที่ 5
เป็นอาคารไม้

ต่อมาในปี พ.ศ. 2464
จึงเปลี่ยนเป็นอาคารคอนกรีตเสริมเหล็ก
หลังจากเปลี่ยนชื่อสถานี “กรุงเก่า”เป็นสถานีอยุธยาตาม
พระบรมราชวินิจฉัยในพระบาทสมเด็จ พระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัวเมื่อ พ.ศ. 2460